Colombia. La giovane Alma Madrigal, il marito Pedro e i suoi tre figli gemelli neonati Julieta, Pepa e Bruno scappano dal loro villaggio durante un attacco di alcuni assalitori, ma Pedro si sacrifica per proteggere la famiglia. Il suo sacrificio dà vita a un miracolo, un Encanto, che incanta una candela accesa tra le mani della donna: la magia dalla quale ne scaturisce fa comparire un'alta catena montana che circonda un piccolo villaggio, nel quale i Madrigal e le persone fuggite con loro trovano rifugio, e una casa animata per la famiglia, che vive di vita propria e viene soprannominata Casita. Con il passare del tempo la famiglia si allarga e Alma, una volta diventata nonna, inizia ad essere chiamata Abuela. Compiuti i cinque anni, tutti i membri della famiglia Madrigal ottengono un dono magico, un vero e proprio superpotere chiamano "talento" che promettono di usare per il bene del paese; fa eccezione Mirabel, la figlia minore di Julieta, alla quale non accade nulla.
Poco dopo Bruno, che ha il dono di vedere il futuro, scompare misteriosamente senza far più ritorno: questo porta la famiglia e l'intero villaggio a ripudiarlo e a smettere di parlarne, come se non fosse mai esistito.
Dieci anni dopo, una Mirabel ormai quindicenne cerca di aiutare la famiglia rendendosi utile come può, nel tentativo di sopperire al suo mancato dono magico, soprattutto nel giorno della celebrazione del quinto compleanno e della nascita del nuovo "talento" di Antonio, il suo cugino più piccolo, a cui è molto legata.
Il bambino è agitato e impaurito all'idea che la stessa sorte di Mirabel possa toccare anche a lui, soprattutto vedendo quanto la cugina ne soffra ancora, ma lei lo tranquillizza e gli sta accanto al momento della cerimonia, durante la quale tutto va per il verso giusto, con grande sollievo della famiglia e del villaggio. Antonio ottiene il dono di comunicare con gli animali e Mirabel è felicissima per lui, ma non può fare a meno di rattristarsi ricordando la sua fallimentare cerimonia, al punto da desiderare che ci sia stato un errore e sperare in un miracolo tardivo che assegni un "talento" magico anche a lei.
Allontanatasi dai festeggiamenti, Mirabel si accorge che nella casa stanno apparendo delle crepe e che la fiamma perenne della candela incantata sta tremando, come se fosse sul punto di spegnersi. Allarmata, corre dai familiari per avvisarli, ma quando tutti accorrono a controllare non sembra essere successo nulla, quindi la famiglia pensa che la ragazza si stia facendo prendere dall'ansia, provata dalla celebrazione che le ricorda la sua assenza di poteri. Più tardi Mirabel scopre che Abuela in realtà le ha creduto, sentendola parlare di nascosto rivolgendosi al defunto marito, e comprende che anche lei è preoccupata.
Decisa ad indagare, la mattina seguente la ragazza chiede alla cugina Dolores se abbia sentito qualcosa di sospetto durante la notte: Dolores dice che Luisa, sorella maggiore di Mirabel, è stata molto inquieta e insonne. Mirabel parla con Luisa che le rivela di percepire un'enorme pressione psicologica su di sé a causa del proprio dono e delle aspettative che ne conseguono, ammettendo anche di sentirsi sempre più debole e vacillante, come se il suo dono stesse sparendo; le consiglia inoltre di visitare la torre della casa in cui viveva Bruno, chiusa e proibita da anni alla famiglia, per cercare di saperne di più sul perché la magia che circonda la famiglia si stia indebolendo.
Mirabel si avventura così nella stanza dello zio scomparso, scoprendo che si tratta di una gigantesca grotta di sabbia in cui trova i frammenti di una visione avuta da Bruno tempo prima, nella quale si vede la stessa Mirabel davanti a casa Madrigal distrutta: questo la porta a credere, con sgomento, di essere la causa di quanto sta succedendo.
La sera stessa ha luogo una cena a cui prende parte Mariano Guzmán, un affascinante giovane del villaggio il quale vorrebbe chiedere la mano di Isabela, sorella maggiore di Mirabel e Luisa. Dolores, che poco prima ha sentito Mirabel confidarsi con il padre Agustín riguardo al ritrovamento della visione, non riesce a trattenersi dal rivelare ciò a tutta la famiglia: la casa comincia a creparsi nuovamente e i poteri dei Madrigal perdono il controllo, rovinando il momento e provocando la rabbia di Isabela nei confronti della sorella minore. Mentre Mirabel tenta di scusarsi, la sua attenzione viene attirata da un gruppo di topolini che stanno portando via i frammenti della visione infilandosi sotto un quadro nel muro; andata a controllare, scopre che dietro al quadro si trova l'ingresso a un passaggio segreto e trova Bruno nascosto tra le mura della casa. Mirabel scopre quindi che in realtà lo zio non ha mai abbandonato la casa e che, siccome le visioni sono qualcosa di mutevole e poco chiaro, è possibile che non tutto sia perduto, quindi chiede a Bruno di guardare di nuovo nel futuro per aiutarla a capire come fare a sistemare la situazione.
Antonio li scopre e offre loro la sua stanza per svolgere il rituale: la nuova visione di Bruno mostra che la magia e la casa potranno essere salvate tramite un abbraccio tra Mirabel e Isabela.
Pur non credendo di riuscire ad avere un momento di dolcezza con la sorella, visto il rapporto tra loro due, Mirabel decide di scusarsi con Isabela; furiosa, l'altra le rivela sfogandosi di sentirsi oppressa dal ruolo di ragazza bella e di successo. Nell'impeto di rabbia, Isabela si accorge che il suo dono può essere sfruttato diversamente, creando piante di ogni tipo; quando si riappacifica con Mirabel, le crepe nella casa scompaiono. Abuela scopre quanto sta succedendo e rimprovera Mirabel di essere la causa di tutti i danni della loro famiglia; esasperata e rattristata, la nipote le risponde accusandola di essere lei la causa di tutti i problemi. A quelle parole Casita comincia a sgretolarsi; tutti i presenti vengono allontanati e Bruno riesce ad uscire sfondando la parete, ma Mirabel resta dentro nel tentativo di salvare la candela magica. Prima di crollare del tutto, Casita protegge Mirabel un'ultima volta coprendola con due persiane per evitarle di essere colpita dalle macerie; alla fine la fiamma si spegne e sia la casa che la famiglia perdono totalmente i propri poteri.
La famiglia è devastata dalla perdita della casa, e Mirabel, distrutta dal dolore, scappa oltre le montagne nate dall'Encanto, rifugiandosi lungo il fiume.
Così tutti i familiari la cercano, fino a che Abuela ritrova la nipote nello stesso posto in cui perse il marito: la nonna le dice di essere lei la vera causa della rovina della famiglia e del miracolo, in quanto ha dimenticato la cosa più importante, ossia il legame che unisce tutti i Madrigal. Poco dopo sopraggiunge Bruno, che viene riaccettato dalla madre e dal resto della famiglia. Più uniti che mai, i Madrigal ritornano quindi al villaggio e ricostruiscono a mano la casa, con l'aiuto dei compaesani. A lavoro concluso, incoraggiata dai parenti, Mirabel inserisce la maniglia nella porta d'ingresso di Casita e la magia ritorna, mostrando raffigurata sulla porta la famiglia Madrigal al completo e restituendo alla casa ed ai componenti della famiglia i propri poteri, dimostrando che anche Mirabel ha un dono: tenere unita la famiglia con l'amore.
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